Здесь показано как нужно настраивать работу Total Commander для работы ftp через прокси сервер.

Учетная запись и пароль указывается для доступа к прокси Вашего интернет провайдера, не путать с данными доступа к нашему ftp серверу.

В этом режиме работы, который показан на картинке, Вы уже не сможете сменить атрибуты файлов (например установить атрибут 777), потому что выбран "http-прокси с поддержкой ftp", и зависит от "способа соединения".